特藏保护与研究中心组建于2021年，由原古文献特藏部和近代文献中心整合而成。现有工作人员9名，其中博士5人，具有副高及以上职称6人，硕士生导师3人。主要从事馆藏古籍的典藏管理、整理研究、修复、数字化及读者阅览服务等。
收藏古籍1.5万余种，约12万册（其中善本古籍1354种，1.3万余册），以明清两代精刻本为主，入藏古籍中最早的版本年代为元刻本，还有海内外孤本。在明清地方志、清代别集以及词学、红学等方面形成鲜明的馆藏特色。其中有《先贤谱图》《古文苑》等5批20种古籍入选《国家珍贵古籍名录》，4批76种入选《上海市珍贵古籍名录》。另典藏《四库全书》系列、《中国地方志集成》、《中华再造善本》、《永乐大典》等大型古籍影印丛书，种类繁富。
收藏近代文献近6万件，其中民国旧平装图书近5万册、晚清民国老教材3500余册、期刊1144种5835册（民国原版期刊999种，4118册；民国影印刊145种，1716册）、报纸39种。文献内容涉及文史地哲教数理化等各个大类。其中教育与文学文献馆藏最为丰富，晚清民国时期中小学教材为收藏亮点，品类繁复、规模系统。我国现代作家著译作品收藏比较丰富，鲁迅、郭沫若、老舍、巴金的著作收藏较全，其中不少作品系初版本。“五四”至建国前的主要文学刊物有近200种，大都采集完整，鲁迅主编的刊物收藏基本齐全。
近年来，特藏保护与研究中心馆员将工作心得与各自的专业有效结合，产生了一批成果，其中主持省部级以上项目10余项，参与国家社科重大项目5项，发表学术论文60余篇，出版专著及古籍整理著作近20种。目前，他们正在朝着更高的方向迈进。