1954年上海师范大学建校初期，学校就招收生物教育专业本科生，同时建立了相关的生物学实验室。

1994年，位于奉贤的上海技术师范学院并入上海师范大学，当时该校招收园艺和应用生物学专业的学生，并有相关的生物学实验室。

1998年，上海师范大学奉贤校区生物系招收本科生物技术专业学生，2000年招收园艺专业本科生，并配有相关的实验室和生物基地。

2002年，徐汇校区生物系和奉贤校区生物系合并为新的生物系，招收生物科学、生物技术、园艺、食品科学与工程科学教育等专业本科学生。在奉贤校区设立基础生物学实验室，在徐汇校区设立现代生物学实验室。同年，学校在奉贤校区生物基地（占地面积30亩）内投资100万元建立了1000平米的智能控温大棚，投资20万元建立了用于植物栽培的阴棚，投资20万元建立了植物组织培养实验室。

2003－2004年，学校投资250余万元用于基础生物学实验室的建设，用于植物学、动物学、植物生理生态学、动物与人体解剖生理学生物学、植物遗传与育种、互动显微观察室等实验室设备的购置。

2005年，学校在徐汇校区建立“孢子植物与功能基因组学创新实验室”，两年中投资1500余万元用于实验设备的采购和实验室改造，该实验室除教师科研和研究生培养外，还用于本科学生毕业论文和对学生开放，提高学生的科研创新能力。

2006年，学校投资90万元，用于生物天然产物的分离加工实验室建设，建立了一个中试实验室。

2006年9月，学院结合教学改革情况，整合实验室结构布局，建立“生物科学与技术实验教学中心”，突出优势和特色，建立良好的实验平台，为提高人才培养质量和水平服务。

2007年，“生物技术（实验室建设）项目”获上海市教育高地建设项目，其中240万元经费用于细胞工程、基因工程、细胞与分子生物学和制药工艺等实验室的仪器设备采购。